임대주택 자동말소 양도세는 어떻게 되나 — 중과 배제에 2027년 말 양도 기한이 생겼습니다

임대주택 자동말소 양도세에서 가장 먼저 볼 것은 기한입니다. 자동말소된 아파트 매입임대주택은 지금까지 언제 팔든 상관이 없었습니다. 말소된 날 임대기간요건을 채운 것으로 봐 주었기 때문에, 시기와 관계없이 다주택 중과에서 빠졌습니다. 그런데 2026년 9월 30일 개정되고 10월 1일부터 시행된 소득세법 시행령이 여기에 기한을 넣었습니다. 이제는 2027년 12월 31일까지 팔아야 중과를 피할 수 있습니다.

기한은 하나가 아닙니다. 다주택 중과 배제에는 위의 새 기한이 걸립니다. 거주주택을 1세대 1주택으로 보아 비과세하는 특례는 말소 후 5년 안에 팔아야 합니다. 자진말소를 했다면 중과 배제 기한이 말소 후 1년입니다. 셋을 하나로 기억하면 틀리기 쉽습니다.

아래에서는 소득세법 시행령, 조세특례제한법, 민간임대주택에 관한 특별법 조문을 직접 옮겨 놓고 이 기한들을 정리했습니다. 2018년 무렵 등록했다가 최근 자동말소된 임대사업자를 생각하고 썼습니다. 한 가지 덧붙이면, 2026년 8월 3일 발표된 세제개편안에는 중과세율을 낮추고 장기보유특별공제 특례를 줄이는 내용이 있습니다. 이 부분은 조세특례제한법에 제97조의11을 새로 만드는 방식이라 국회를 통과해야 합니다. 2026년 11월 9일 현재 그 조항은 법에 없습니다. 이 글의 숫자는 모두 지금 시행 중인 법령 기준입니다.

자동말소와 자진말소는 어디서 갈리나

자동말소는 의무기간이 끝나는 날 저절로 됩니다

2020년 8월 18일 개정된 민간임대주택에 관한 특별법은 두 가지 유형을 없앴습니다. 4년짜리 단기민간임대주택, 그리고 장기일반민간임대주택 가운데 아파트를 사서 임대하는 민간매입임대주택(8년)입니다. 도시형 생활주택인 아파트는 대상이 아니었고, 단독·다가구·연립 같은 비아파트 장기일반도 그대로 남았습니다.

이미 등록된 주택은 같은 법 제6조 제5항에 따라 처리됩니다.

종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제5호에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택 및 제2조제6호에 따른 단기민간임대주택은 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소된다.

따로 신청하거나 통지받을 필요가 없습니다. 날짜가 되면 말소됩니다. 법이 바뀌기 전에 이미 의무기간이 지난 주택은 2020년 8월 18일에 말소된 것으로 처리됐습니다. 이 조항에 대해 재산권 침해라는 헌법소원이 있었지만, 헌법재판소는 이미 받은 세제 혜택을 빼앗는 내용이 아니라며 받아들이지 않았습니다.

지금 법에 있는 단기민간임대주택은 이름만 같고 다른 제도입니다. 폐지 뒤 비아파트에 한해 다시 생긴 유형으로, 현행법 제2조 제6호의2는 "6년 이상 임대할 목적"이라고 정합니다. 장기일반민간임대주택도 지금은 10년입니다. 예전의 4년, 8년과 숫자가 다르니 본인 등록증에 적힌 유형과 날짜를 먼저 확인하시기 바랍니다.

자진말소는 의무기간 안에 직접 신청합니다

같은 법 제6조 제1항 제11호는 폐지된 두 유형에 한해 임대사업자가 의무기간이 끝나기 전에 스스로 말소를 신청할 수 있게 했습니다. 신청할 때 임대차계약이 남아 있으면 임차인의 동의를 받아야 합니다.

말소됐다고 바로 모든 의무에서 풀리지는 않습니다. 같은 조 제6항은 말소된 임대사업자도 "이미 체결된 임대차계약의 기간이 끝날 때까지 임차인에 대한 관계에서 이 법에 따른 임대사업자로 본다"고 정합니다. 임대료 5% 상한이나 갱신 거절 제한은 그 계약이 끝날 때까지 계속 지켜야 합니다.

지금은 다주택 중과가 다시 적용됩니다

이 기한이 왜 지금 중요한지부터 보겠습니다. 2022년부터 이어지던 다주택자 양도세 중과 한시 배제가 2026년 5월 9일로 끝났습니다. 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제12호의2 가목에 "2026년 5월 9일까지 양도하는 주택"이라고 적혀 있습니다. 그 뒤로는 계약 시점을 기준으로 한 경과조치만 남았습니다. 토지거래허가 대상이면 2026년 5월 9일까지 허가를 신청하고 계약과 계약금 수령이 확인되는 경우, 허가 대상이 아니면 5월 9일까지 계약하고 계약일부터 4개월(일부 지역 6개월) 안에 판 경우입니다.

지금 중과세율은 소득세법 제104조 제7항에 있습니다. 기본세율에 1세대 2주택은 20%p, 3주택 이상은 30%p를 더합니다. 단, 각 호마다 "조정대상지역에 있는 주택"이라고 적혀 있어서 조정대상지역 밖 주택에는 중과가 없습니다. 내 주택이 있는 곳이 언제 지정되고 풀렸는지는 조정대상지역 지역별 지정·해제 시점표에서 찾아볼 수 있습니다. 세율을 넣은 계산은 양도소득세 계산기로 해 보시면 됩니다.

5월 9일 전에는 말소 뒤에도 세제 혜택이 유지되는지가 크게 중요하지 않았습니다. 중과 자체가 멈춰 있었기 때문입니다. 지금은 그 여부에 따라 세금이 크게 달라집니다.

중과 배제에는 2027년 12월 31일이라는 기한이 생겼습니다

소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제2호는 중과에서 빼 주는 장기임대주택을 가목부터 차례로 나열합니다. 그 앞의 단서가 자동말소를 이렇게 다룹니다.

… 「민간임대주택에 관한 특별법」 제6조제5항에 따라 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소되는 경우에는 임대의무기간이 종료한 날 해당 목에서 정한 임대기간요건을 갖춘 것으로 본다.

여기까지는 예전과 같습니다. 바뀐 곳은 각 목 안의 조건입니다. 가목 2), 나목 2), 라목 8), 마목 4)에 같은 문장이 들어 있습니다. 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이면 "제11항에 따른 기한까지 양도할 것"입니다. 그리고 2026년 9월 30일 새로 생긴 같은 조 제11항이 그 기한을 정했습니다.

제1항제2호가목2)·나목2)·라목8)·마목4) 및 같은 항 제3호 후단에 따른 기한은 2027년 12월 31일로 한다. 다만, 해당 주택이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택인 경우에는 2027년 12월 31일과 해당 호에서 정하는 날 중 가장 늦은 날을 그 기한으로 한다.

기한이 늦춰지는 경우는 셋입니다.

의무기간이 2027년 1월 1일 이후에 끝나는 주택은 자동말소된 날부터 1년
2027년 1월 1일 이후 조정대상지역으로 새로 지정된 곳의 주택은 공고일부터 1년(2026년 12월 31일 현재 이미 조정대상지역인 곳은 해당하지 않음)
재건축·재개발·소규모주택정비사업으로 조합설립인가나 관리처분계획인가를 받은 주택은 이전고시일부터 1년

이 가운데 가장 늦은 날이 기한이 됩니다.

놓치기 쉬운 점이 둘 있습니다. 하나는 이 기한이 아파트에만 걸린다는 것입니다. 4년 단기로 등록했던 비아파트가 자동말소됐다면 "아파트를 임대하는 민간매입임대주택"이 아니니 양도 기한이 없습니다. 다른 하나는 자진말소한 주택은 같은 호 사목이 따로 정한다는 것입니다. 가목 2)의 단서도 "해당 주택이 사목에 해당하는 경우에는 같은 목에 따른 양도기한을 적용한다"고 적고 있습니다. 사목의 내용은 이렇습니다.

… 임대사업자의 임대의무기간 내 등록 말소 신청으로 등록이 말소된 경우(같은 법 제43조에 따라 임대의무기간의 2분의 1 이상을 임대한 경우로 한정한다)로서 등록 말소 이후 1년 이내 양도하는 주택. 이 경우 임대기간요건 외에 해당 목의 다른 요건은 갖추어야 한다.

마지막 문장을 눈여겨봐야 합니다. 말소로 면제되는 것은 임대기간요건뿐입니다. 임대를 시작할 때 기준시가 6억 원(수도권 밖 3억 원) 이하, 임대료 증가율 5% 이하 같은 나머지 요건은 그대로 갖춰야 합니다.

무엇을 지키려는가	자동말소	자진말소
다주택 중과 배제 (아파트 매입임대)	2027년 12월 31일까지 양도 (연장 사유 있으면 더 늦은 날)	의무기간 1/2 이상 임대 + 말소 후 1년 이내 양도
다주택 중과 배제 (비아파트)	양도 기한 없음	의무기간 1/2 이상 임대 + 말소 후 1년 이내 양도
거주주택 1세대 1주택 비과세	말소 후 5년 이내 거주주택 양도	의무기간 1/2 이상 임대 + 말소 후 5년 이내 거주주택 양도

거주주택 비과세는 시계가 다릅니다

임대주택은 빼고 실제 사는 집 한 채를 1세대 1주택으로 보아 비과세해 주는 특례가 소득세법 시행령 제155조 제20항입니다. 임대주택이 말소된 경우는 같은 조 제23항이 다룹니다.

… 다음 각 호의 어느 하나에 해당하여 등록이 말소된 경우에는 해당 등록이 말소된 이후(장기임대주택을 2호 이상 임대하는 경우에는 최초로 등록이 말소되는 장기임대주택의 등록 말소 이후를 말한다) 5년 이내에 거주주택을 양도하는 경우에 한정하여 임대기간요건을 갖춘 장기임대주택으로 보아 제20항을 적용한다.

자동말소든 자진말소(의무기간 절반 이상 임대)든 이 조항을 따릅니다. 임대주택이 두 채 이상이면 가장 먼저 말소된 날부터 5년을 셉니다. 나중에 말소된 집을 기준으로 잡으면 기한을 넘길 수 있습니다.

이 조항도 2026년 9월 30일에 한 문장이 추가됐습니다. 제167조의3 제1항 제2호 "가목2)·라목8)·마목4)의 요건은 적용하지 않는다"는 내용입니다. 앞에서 본 2027년 12월 31일 기한이 거주주택 비과세에는 적용되지 않는다는 뜻입니다. 같은 날 개정됐는데 중과 배제에는 기한이 생기고, 거주주택 비과세는 말소 후 5년 그대로 남았습니다.

장기보유특별공제는 50%입니다

장기일반민간임대주택에 주던 장기보유특별공제 특례는 조세특례제한법 제97조의3에 있습니다. 지금 조문은 민간건설임대주택을 2027년 12월 31일까지 등록해 10년 이상 계속 임대한 경우 70%를 공제한다고 정합니다. 8년 50%는 현행 조문에서 빠졌습니다.

그렇다면 8년 만기로 자동말소된 아파트 매입임대주택은 어떻게 될까요. 국세청이 답한 사례가 있습니다. 사전-2024-법규재산-0768(2024년 12월 31일) 회신입니다. 2020년 12월 31일 이전에 등록한 장기일반민간임대주택이 자동말소됐다면, 2023년 2월 28일 이후에 팔더라도 개정 전 조세특례제한법 시행령 제97조의3 제2항에 따라 8년 동안 등록·임대한 것으로 보고 옛 제97조의3을 적용할 수 있다고 했습니다. 8년에 해당하는 공제율은 50%입니다. 70%는 10년 이상 계속 임대했을 때 받습니다.

공제가 어디에 붙는지도 봐야 합니다. 조세특례제한법 시행령 제97조의3 제5항은 이 공제율을 임대기간 중에 생긴 양도차익에만 적용하고, 그 금액은 기준시가로 계산한다고 정합니다. 양도차익 전체에 50%를 적용하는 게 아닙니다. 등록하기 전에 오른 부분은 일반 공제율을 따릅니다. 그리고 특례 공제율은 일반 공제율에 얹어 주는 것이 아니라 그 대신 적용됩니다.

요건은 시행령 제97조의3 제3항에 있습니다. 임대보증금이나 임대료 증가율 5% 이하, 국민주택규모 이하, 임대를 시작한 날부터 10년 이상 임대, 임대 시작 당시 기준시가 합계 6억 원(수도권 밖 3억 원) 이하입니다. 1년 안에는 다시 올릴 수 없고, 보증금과 월세를 서로 바꿀 때는 민간임대주택법 제44조 제4항의 기준을 따릅니다. 5% 요건을 어긴 해가 있으면 특례를 못 받을 수 있으니, 지난 갱신 내역을 보증금과 월세를 같이 올릴 때의 5% 한도 기준으로 한 번 다시 확인해 두시기 바랍니다.

임대주택 자동말소 양도세, 확인할 순서

등록증에서 유형과 날짜를 봅니다. 옛 단기민간임대주택인지, 옛 장기일반민간임대주택 중 아파트인지, 의무기간이 언제 끝났는지입니다. 아래 내용이 모두 여기서 갈립니다.
아파트인지 확인합니다. 아파트라면 중과 배제에 2027년 12월 31일 기한이 걸리고, 비아파트라면 이 기한이 없습니다.
조정대상지역인지 봅니다. 조정대상지역이 아니면 처음부터 중과가 없으니 중과 배제 기한도 의미가 없습니다.
거주주택이 있다면 가장 먼저 말소된 날을 적어 둡니다. 그날부터 5년이 거주주택 비과세 기한입니다.
임대료 5% 요건을 어긴 적이 없는지 확인합니다. 말소됐어도 이 요건은 유지해야 합니다.
장기보유특별공제는 임대기간 중 양도차익으로 계산합니다. 기준시가 자료를 미리 모아 두면 신고할 때 덜 헤맵니다.
애매하면 미리 물어봅니다. 위 국세청 회신처럼 사실관계를 적어 사전답변을 받는 제도가 있습니다. 팔고 나서 다투는 것보다 팔기 전에 묻는 편이 비용이 적게 듭니다.

임대사업자의 보증보험 의무가 궁금하다면 임대사업자 보증보험 보증료는 누가 얼마나 내는지 계산해 본 글을 참고하시기 바랍니다.

맺음말

임대주택 자동말소 양도세에는 기한이 셋 있습니다. 아파트 매입임대의 중과 배제는 2027년 12월 31일까지, 거주주택 비과세는 말소 후 5년 안, 자진말소했다면 중과 배제는 말소 후 1년 안입니다. 장기보유특별공제는 자동말소를 8년 임대로 봐서 50%를 적용하고, 임대기간 중 오른 부분에만 붙습니다.

새 기한은 2026년 10월 1일부터 시행돼 아직 한 달 남짓 됐습니다. 세제개편안의 중과세율 완화는 국회 결과를 지켜봐야 합니다. 임대주택 자동말소 양도세는 등록증과 말소일만 꺼내 놓아도 절반은 정리됩니다. 위 순서대로 한 번 확인해 두면 기한을 몰라서 놓치는 일은 막을 수 있습니다.